市科协机关设３个职能部室（规格均为正科级）。

　　（一）办公室

　　负责组织人事、宣传联络、纪律检查、劳动工资、文秘收发、档案管理、财务统计、机要保密、年度考核、干部队伍和基层组织建设及离退休干部工作；负责科协机关的日常事务、重要会议组织、综合治理、车辆及财产管理等行政后勤工作。编发《科协简报》，草拟综合性文件、计划、岗位目标责任制、工作报告和年度总结材料等；协助领导对有关工作和各部门、直属企事业单位进行综合协调。

　　（二）学会部

　　负责对市级学会、协会、研究会的管理、指导和服务；负责组织、协调综合性、多学科的重点课题学术研讨活动、决策论证；组织科技工作者参与科技政策、法规的研究和制定； “厂会协作”、“学会联百村”、市级自然科学优秀论文评选和民间国际科技交流等活动；负责宣传党和政府的知识分子工作方针、政策，吸收并反映科技工作者的建议、意见和要求，维护科技人员的合法权益，表彰优秀科技工作者；负责编发《绍兴市科技工作者建议》。

　　（三）科普部

　　负责制定科普活动计（规）划和实施方案，组织、协调和指导开展科普宣传和反邪教活动；负责全市农函大、农民技术人员职称评审、农村科普示范基地、农村专业技术协会和城乡科普单位创建、科普讲师团、实用新技术和新项目的普及和推广工作；负责青少年科技活动和各项竞赛；负责开展“金桥工程”、“讲理想、比贡献”活动。