1.局办公室：负责局机关文书收发、会务后勤、公务接待、安全保卫等机关日常行政工作；负责局机关、直属单位的机构编制、组织人事、劳动工资、年度考核、职称评聘等工作；牵头做好局机关及直属单位预算编排、决算编报等工作，负责日常账务处理、预算执行、绩效评价、政府采购、固定资产管理等工作；负责局机关行政公文核稿工作，承担主要领导讲话材料和全局性总结材料撰稿工作。
　　2.机关党总支：负责党务、宣传及精神文明工作、中心组学习、机关干部政治学习、组织政治性活动、老干部服务管理、扶贫结对、驻村指导员管理等工作。
　　3.监察室（内审指导处）：负责惩防体系建设、审计廉政监督、审计回访、信访接待、市长热线交代件处理等工作；负责指导监督全市内部审计工作，对县级内部审计协会进行业务指导和监督管理；负责市内部审计师协会秘书处日常工作，负责对全市内部审计机构的服务、管理、宣传、交流。
　　4.法规（综合、审理、整改督查）处：负责制定审计业务管理制度、审计工作规划、年度审计计划；负责审计业务质量检查考核和优秀审计项目评比；负责本级审计项目审理工作，负责对社会审计机构出具的相关审计报告进行核查；做好检察机关和审计机关配合协调领导小组有关工作；负责审计信息宣传、新闻发布、政府信息公开、专网和外网综合性信息日常维护工作；负责市审计学会秘书处日常工作，联系特约审计员；负责综合协调审计结果整改落实情况，承担市审计整改工作领导小组办公室日常工作；负责办理审计行政复议和应诉、审计调查结果对外公告等工作；负责审计普法教育、综合档案管理等工作。
　　5.经济责任审计处（市经济责任审计工作联席会议办公室与其合署）：负责市局经济责任审计协调小组日常工作，协调年度经济责任审计项目分配，综合分析全市经济责任审计工作情况，汇总起草年度综合报告；承担部分经责审计项目；负责对各县（市、区）审计机关负责人的经济责任审计；承担市经责办日常工作，负责协调落实市管领导干部经济责任审计工作，研究起草有关经济责任审计制度规范，配合市委组织部做好市管干部离任经济事项交接工作；配合与经济责任审计相关的预防职务犯罪工作的指导监督；负责相关审计结果跟踪落实工作；指导全市经济责任审计工作；负责指导市内管干部经济责任审计工作；负责联席会议布置的年度工作和召集人交办的其他事项。
　　6.财政审计处：负责审计市级预算执行和其他财政财务收支情况，审计市地方税务局税收征管情况；审计县（市、区）人民政府和市级开发区的镇（乡）人民政府预算执行情况和决算；负责财政局及其下属单位的财政财务收支审计；负责市局向市政府和省审计厅提出年度市级预算执行和其他财务收支情况审计总体方案及其审计结果报告的起草工作；负责市局受市政府委托向市人大常委会提出市级预算执行和其他财政情况的审计工作报告起草工作；负责市局财政审计协调小组日常工作；牵头协调全部政府性资金审计的研究和成果整合；负责相关审计结果跟踪落实工作；组织、指导开展全市财政审计工作；负责相关审计或专项审计调查。
　　7.经贸金融审计处：负责市政府经济和信息化、国有资产监督管理、安全生产监督管理等部门及其下属单位的财政财务收支审计；审计市重点国有企业和市级国有资本占控股或主导地位企业的资产、负债、损益和国有资本经营预算；负责市局企业审计的日常工作；负责市政府金融管理部门的财政财务收支审计；负责市政府规定的市属国有和国有资本占控股或主导地位的金融机构的资产、负债、损益的审计；根据省审计厅授权对农村合作金融机构和其他金融企业进行审计；组织、指导全市企业、金融审计业务工作；负责确定年度审计工作方案以及对审计结果进行综合分析；负责相关审计结果跟踪落实工作；负责相关审计或专项审计调查。
　　8.行政事业与外资运用审计处：负责与市级财政有拨款关系的市人大机关、市政协机关、市中级人民法院、市检察院和政党组织、社会团体的财政财务收支审计；负责市政府有关部门、直属机构和单位及其下属单位的财政财务收支审计；负责市政府新闻出版、广播电影电视管理部门和相关市属事业单位、高等院校、群众团体、文化企业的财政财务收支审计；对市级机关行政单位的预算执行情况进行审计；组织、指导全市行政事业审计业务工作；负责相关审计或专项审计调查；负责国际组织和外国政府贷款、援助和赠款项目的财务收支审计；负责相关审计结果跟踪落实工作。
　　9.投资审计处：负责市政府发展和改革、住房和城乡建设、交通运输、城市规划、建筑业管理、人防办等部门及其下属单位的财政财务收支审计；直接审计市级投资和以市级投资为主的建设项目的预算执行和决算（含重点项目的跟踪审计）；负责指导全市投资审计业务工作；负责组织社会中介机构审计市级投资和以市级投资为主的建设项目的工程造价结算；负责对市重点工程的跟踪审计；负责相关审计结果跟踪落实工作；指导政府投资项目审计中心开展工作；指导全市组织社会中介机构投资审计业务；负责相关审计或专项审计调查。
　　10.农业和环资审计处：负责市农办、市政府农业、林业、水利、国土资源、环境保护等部门及其下属单位的财政财务收支审计；负责审计由市政府主管部门管理和受市政府委托由社会团体管理的国土资源、水利、农、林、环境保护、新农村建设等资金的筹集、管理、使用情况；负责相关审计结果跟踪落实工作；组织指导全市国土资源、水利、农、林、环境保护等审计业务工作；负责相关审计或专项审计调查。
　　11.社保审计处：负责市政府人力资源和社会保障、民政、卫生、残联、老龄委、红十字会、慈善总会等部门及其下属单位的财政财务收支审计；负责审计由市政府主管部门管理和受市政府委托由社会团体管理的养老、医疗、工伤、生育、失业等社会保障基金的财务收支以及各项社会福利、救灾救济、优抚安置和社会捐赠资金的管理使用情况；负责相关审计结果跟踪落实工作；组织、指导全市社会保障审计业务工作；负责相关审计或专项审计调查。
　　12.开发区审计处：负责审计市直开发区（新区、新城）及下属单位财政财务收支情况；开展开发区托管乡镇的领导干部经济责任审计工作；开展相关专项审计调查；上级交办的其他审计事项。