市交通运输局设8个职能处室（规格均为正科级）：
（一）办公室。负责协调局机关的政务工作；负责文秘、重要会务、信息、信访、机要、保密、档案、通讯报道、信息化建设工作；组织办理有关市人大代表建议、市政协委员提案；归口、承办全市性交通运输应急宣传，归口、配合机关有关处室依其职能开展的重要主题宣传活动，承办行业性新闻发布活动；负责承办市长公开电话、有关数字城管的工作；负责局机关资产管理、后勤保障和安全保卫工作；指导全局爱国卫生和计划生育等工作。
（二）政治处。按权限管理直属单位领导班子和局管干部；负责局机关和直属单位机构编制、人事、劳动工资工作；负责全市交通运输行业精神文明建设、职工队伍建设、专业技术人员管理的相关工作；负责局机关离退休干部的管理服务工作，指导直属单位的离退休干部管理服务工作；负责交通外事工作。
（三）政策法规处（行政审批服务处与其合署）。指导全市交通运输行业的体制改革和法制工作；组织开展交通运输政策研究与拟订；负责有关交通运输行政管理的规范性文件的调研、论证和起草工作；负责交通运输系统的执法监督和行政复议、应诉工作；负责交通运输行业法制宣传教育工作；承担行政审批服务窗口管理工作（局行政审批服务职能向行政审批服务处集中，其他处室不再履行集中的行政审批职能）。
（四）财务审计处。组织编制交通运输行业管理、工程建设年度预算资金计划；会同相关部门筹集交通建设资金并对资金使用进行监督；负责水路运输规费、公路通行费管理工作；负责局机关国有资产、财务管理和各类经费核算工作；负责指导直属事业单位国有资产及其财务预决算的管理、审核；负责交通运输行业专项资金和直属单位经费使用的内部审计、绩效评价；指导交通运输行业的财务与审计工作；负责交通运输行业综合统计、预测、信息引导工作；指导和管理交通运输行业利用外资。
（五）运输安全处。组织拟订道路与水路运输、城市客运、港口和参与拟订物流行业政策、制度和规划；协调重点物资、紧急物资运输和抢险救灾、军运和春运工作；会同有关部门拟订运价政策并督促执行；维护运输行业平等竞争秩序，负责道路、水路交通运输及相关业务、汽车租赁、搬运装卸、机动车驾驶员培训、汽车维修、城市客运、出租车、运输服务的行业管理，指导城市地铁、轨道交通运营；负责收费公路相关管理；负责全市性综合交通运输应急保障的组织工作，拟订应急保障预案并监督实施，指导应急处置体系建设；指导道路与水路运输、城市客运和直属单位的安全生产管理，组织有关安全生产大检查，依法组织或参与重大交通事故的查处；协助配合有关部门管理车站港口（码头）治安工作；指导行业维稳工作；负责直属单位的社会治安综合治理工作。
（六）建设管理处。负责编制全市公路、水运工程建设专业规划和计划，并组织协调工程项目建设；负责限下项目工可、初步设计的审核，施工图设计、施工许可的审批，组织公路、水运工程项目竣工验收；负责限上项目的审核、报批，参与竣工验收；管理全市交通运输工程项目的建设、监理、质量技术监督、造价定额、环境保护、施工企业（人员）资质工作，维护交通运输基础设施建设市场的平等竞争秩序；监督检查全市公路、水运工程养护工作。
（七）科技教育处。拟订交通运输行业科技、教育发展规划和年度计划；组织实施重大交通科技项目、科技成果的鉴定和推广应用；指导交通运输行业节能减排工作；负责管理交通运输科技情报、计量工作；指导交通运输职业技术教育和有关学会、协会管理工作；负责直属单位的企业改革、企业管理和全市交通企业的技术改造工作。
（八）绍兴市交通战备办公室。贯彻市国动委和上级关于交通战备工作的方针、政策和法规，拟订全市交通战备工作的有关制度和政策、措施；负责制定全市交通战备建设规划和战时交通保障计划；指导编制重点线路、目标的战时保障方案；负责全市民用运力国防动员工作；指导督促交通战备专业保障队伍建设，开展专业训练和战备演练；配合部队做好军事行动的交通保障工作。机关党组织。负责机关和直属单位党群工作。日常工作由政治处承担。